江西省胸科醫院始建于1950年，是由江西省結核病防治所、江西省肺科醫院轉型發展而來（1992年增掛“江西省肺科醫院”牌子，實行兩塊牌子一套人員；2004年2月更名為“江西省胸科醫院”，同年9月增掛“江西省第三人民醫院”牌子）；2019年12月增掛“南昌大學附屬胸科醫院”。是全省唯一一所集醫療、預防、教學、科研為一體的以治療胸部疾病為主的“三級甲等”專科醫院。是南昌大學醫學院和江西中醫藥大學的教學醫院和研究生培養定點醫院。

醫院還承擔了全省結核病及其他傳染病的定點收治任務，是江西省突發公共衛生事件醫療救治中心；承擔了全省社區衛生技術工作的指導、培訓任務，為江西省社區衛生技術指導中心。2014年2月11日，經省衛生廳批準獲得塵肺病診斷機構資格，成為江西省唯一獲得該資質的三級甲等醫院。

醫院于2020年6月份被確立為江西省感染性疾病臨床研究中心；2020年9月確立為國家感染性疾病臨床中心江西分中心；2021年3月獲批江西省結核病專業質量控制中心。 2021年8月江西省衛健委批復我院為南昌醫學院直屬第三附屬醫院。

2020年9月份正式獲批為江西省公共衛生臨床中心。按照“醫防一體、平戰結合、防治融合”的原則，“平時”承擔全省感染性疾病診療、患者癥狀監測、疾病防治管理與健康宣教、公共衛生與應急管理、醫療物資儲備、教育培訓等公益事業職能；“戰時”轉化為重大疫情防控救治基地，擔負全省公共衛生事件應急救治職能。

醫院分兩個院區：疊山路院區和紅谷灘院區，醫院占地面積94.91畝，建筑面積3.7665萬平方米，醫療用房3.1萬平方米。設有胸外科、心血管內科、呼吸內科、腫瘤科、結核科、神經內科等臨床醫技科室30個，職能科室23個，其中有1個院士工作站，3個省醫學領先學科，1個省醫學領先建設學科，1個國家衛計委呼吸內鏡培訓基地，1個國家中醫藥管理局重點研究室，一個省醫學會主委單位（結核病分會），5個研究型醫院主委單位（神經感染與神經免疫學分會、介入呼吸病學分會、胸部微創外科學分會、腫瘤分會、江西省保健學會肺血管介入學分會）。編制床位1000張，開放病床800張；現有在職職工711人，其中正副教授、正副主任醫師120名，醫學博士7名，醫學碩士80余名，碩士生導師9名。江西省衛生系統高層次學術學科帶頭人1名，省衛生廳學術技術帶頭人培養對象15名。配備依柯達高能直線加速器、64排全身螺旋CT掃描機、直接數字化X線攝影機、大型數字減影C型臂、史塞克電子高清胸腔鏡、電子支氣管鏡、史托斯硬質支氣管鏡、多功能進口麻醉呼吸機、杜邦和日立全自動生化儀、血氣分折儀、DNA擴增儀、細菌快速培養儀、彩色超聲診斷儀、肺功能儀、呼吸睡眠監測儀等先進設備。

2021年獲批開工的南昌九望新城新院區建設，總占地面積約為268畝，總投資25億，設置床位1950張，將全面定位以“江西省第三人民醫院為主，江西省公共衛生臨床中心為輔的”平臺建設，增設覆蓋內、外學科近15個新型臨床科室，利用3年左右時間建成主院區的門急診大樓、醫技大樓、綜合住院大樓、科研實驗大樓、行政綜合及配套設施部分工程；同時以重點學科建設同步進行，利用5年左右時間將扶持重點學科專項突破，開啟了“強專科、優綜合”的特色發展新藍圖。

醫院堅持“科技興院”的理念，近年來獲省級科技成果獎13項，獲國內先進水平的科研成果32項，填補省內空白16項，醫學專著4部。胸外科、呼吸內鏡介入科、結核內科是江西省醫學領先學科，腫瘤學科是江西省醫學領先建設學科。呼吸科、心血管科、神經危重癥學科是醫院重點建設學科。胸腔鏡微創外科手術、氣管支氣管鏡微創介入手術達國內先進水平，難治性肺結核及耐多藥肺結核病人的治療技術處于省內領先水平。醫院內鏡中心2008年被衛生部授予“國家衛生部呼吸內鏡培訓基地”，2017年10月被中國醫師協會內鏡分會授予江西唯一、全國首批40家呼吸內鏡培訓基地之一。2019年1月呼吸與危重癥醫學科通過國家PCCM規范化建設項目診室評審，為三級達標單位；介入呼吸病學入選首批單修基地。2019年11月牽頭成立了江西省呼吸介入專科醫聯體，面向全國進行內鏡醫師培訓，年平均開展氣管、支氣管介入手術1萬例次，支氣管鏡檢查例數居全省之首。醫院率先引進開展了“大容量全肺灌洗術”，為廣大塵肺患者帶來福音，省內外塵肺患者慕名而來，滿意而歸。

醫院不斷深化醫改舉措， 加強科學管理，提高醫療質量水平。2017年8月牽頭組建了江西省結核病專科醫聯體，2017年9月加入了上海肺科醫院專科聯盟、北京胸科醫院創新聯盟及中日醫院呼吸專科醫聯體間質性肺疾病協作組，充分優化資源配置，形成上下聯動、優勢互補、資源共享的運行機制；作為中華社會救助基金會“大愛清塵”基金定點醫院，全力承擔起江西地區塵肺病患者的醫療救治工作； 2017年12月與中國工程院廖萬清院士簽署成立致病真菌臨床醫學研究院士工作站，2019年11月正式掛牌“廖萬清院士團隊工作室”，建立疑難真菌感染性疾病診療體系，共同提高為百姓健康服務的水平。2018年6月通過省衛計委專家評審，授予“第三周期醫院評審三級甲等醫院”稱號。

醫院以“厚德、仁愛、專邃、為先”為院訓，堅持以“患者第一、質量第一、服務第一”為宗旨，以精湛的技術、良好的醫德竭誠為廣大人民群眾提供優質的醫療保健服務。近年來，先后榮獲“省級文明單位”、“江西省群眾滿意醫院”、“江西省衛生系統行風建設優良單位”、“廳直衛生系統社會治安綜合治理目標管理先進單位”“全國百姓放心示范醫院”等稱號。